Die "Catedral de la Encarnación" erhebt sich an dem Ort, den die Aljama oder Hauptmoschee der Stadt während der acht Jahrhunderte islamischer Herrschaft einnahm. Ihr Bau wurde in der ersten Hälfte des 16. Jahrhunderts (1528) begonnen und im Laufe des 17. und 18. Jahrhunderts fortgeführt, blieb jedoch unvollendet, da die Hauptfassade und der Südturm niemals fertiggestellt wurden. Dies hat dem Gotteshaus mit der Zeit einen einzigartigen, charakteristischen Aspekt verliehen, dem es auch seinen volkstümlichen Namen zu verdanken hat, nämlich La Manquita (die Einarmige). In seinem Inneren ist das bildhauerische Werk des Chors zu erwähnen, mit 42 Holzschnitzereien von Pedro de Mena, Ortiz de Vargas und Giuseppe Micael Alfaro, sowie den beiden Orgeln, herrliche Musikinstrumente mit über 4000 Orgelpfeifen, und seltene Exemplare aus dem 18. Jahrhundert, die noch in gutem Zustand erhalten sind. Es beherbergt auch das Kathedralenmuseum.